主要区别有：1、交易所体制不同。2、财务指标不同。3、适合的行业和企业对象不同。北交所是整体平移选择层的基本制度，同步试点证券发行登记制度。
以下是详细的说明：
1、交易所体制
北京证券交易所采用公司制，不同于沪深证券交易所的会员制；科技创新板属于上海证券交易所，科技创新板已实行注册制。
2、财务指标不同
北京证券交易所采取4套“财务+市值”标准（选其一）；科创板采取5套“财务+市值”标准（选其一）。
3、适合的行业和企业对象不同
北京证券交易所以“专精特新”中小企业为核心，以符合国家战略、突破关键核心技术、市场认可度高的科技创新企业为核心业务。
此外，北交所服务于来源于创新层的挂牌公司，其服务企业对象规模较沪深交易所“更早、更小、更新”。北交所和股转系统（基础层+创新层）的组合拳，补充一个中间踏步，为这些企业跑马发展提供了赛马场，真实的演练场。对许多企业来说，北交所路径是个好的选择，更确切的说，“专精特新”加北交所路径是上上之选。
